从组织学的观点来说，甲醛是一种良好的固定剂，它有很多的优点：组织收缩较少，损伤少，保存固有物质好；固定均匀，穿透力强；能使组织硬化,增进组织弹性，有利于切片；能保存脂肪及脂类物质；成本较低。虽然甲醛有上述的优点，但这都是相对而言，任何物质都不可能十全十美的，它也有许多缺点：杂质含量较多，如甲醇，可钝化酶类，影响反应；含有微量甲酸，导致固定液酸变,影响染色；可产生福尔马林色素,影响观察；不能固定尿酸和糖类物质；容易挥发,污染环境，可导致标本干涸；可长期存在于固定过的组织上。有人做过实验，组织用甲醛固定后在流水中冲洗5小时后，仍留有相当多的甲醛与蛋白质相结合，但需要经过长时间的流水冲洗(24天的冲洗)方能除去。可见存在于组织上的甲醛是不可能除去的，因为临床活检不可能有这么长的时间来冲洗组织，因此要特别指出的是，在其后的各种技术操作中，要特别注意到甲醛的存在，必须要想办法除去它，否则将会给各种染色造成影响，甚至导致失败。
